2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の剧场版アニメーション。1日と1日の狭间に存在する「影时间」に出现する异形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と唿ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光馆学园に転校してきた结城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで构成される特别课外活动部に引き入れられる。しかし、部员たちはそれぞれの理由で影时间の真相を追う中、想像を絶する运命と対峙することになる。